Itinalaga si Vice Admiral Alan Javier bilang bagong Flag-Officer-in-Command (FOIC) ng Philippine Navy, ayon sa Department of National Defense (DND).
Bago ang pagkakatalaga, nagsilbi si Javier bilang commander ng Western Command. Pinamunuan din niya ang Western Naval Command at naging Chief of Naval Staff.
Bilang ika-42 pinuno ng Philippine Navy, kabilang sa kaniyang mga prayoridad ang pagpapanatili ng kahandaan sa operasyon, pagsusulong ng modernisasyon, paglilinang ng kakayahan ng mga tauhan, at pagpapatibay ng pakikipagtulungan sa mga kaalyadong bansa.
Pinalitan niya si Vice Admiral Jose Ma Ambrosio Ezpeleta na nagretiro matapos ang mahigit 35 taon sa serbisyo militar.
